Muškatni oraščić bogat je aromatičnim uljima, mineralima (bakar, kalij, kalcij, mangan, željezo, cink, magnezij), vitaminima B grupe te snažnim antioksidansima – flavonoidima. Na Orijentu je muškatni oraščić od davnina narodni lijek za probavne tegobe, infekcije i reumatske bolesti, a poznat je i kao snažan afrodizijak.
Muškatni oraščić odlično ublažava upalu desni (gingivitis) te se generalno preporučuje za njegu usne šupljine. U čašu vrele vode dodajte pola kašičice muškatnog oraščića u prahu, pustite da se ohladi na sobnu temperaturu pa tokom dana ispirajte usta.
Za ublažavanje nadutosti, žgaravice i drugih probavnih tegoba, pijte čaj od metvice u koji ste dodali malo naribanog muškatnog oraščića.
Muškatni oraščić ljekovit je samo u malim dozama. Kao maksimalan dnevni unos ovog začina preporučuje se najviše tri grama. U većim količinama može izazvati prekomjerno znojenje, anksioznost, ubrzan rad srca, a u prekomjernim količinama izaziva halucinacije i grčeve te je opasan po život.